Действие игры происходит в созданном Альбертом Эйнштейном параллельном мире в 1971—1972, продолжая сюжетную линию Союзников из оригинального Red Alert. Как и в её предшественнике, противоборствующими сторонами в игре являются Советский Союз и Союзники, помимо того, некоторые отряды и строения идентичны оригинальным из первого Red Alert, а некоторые — несколько изменились (так, мамонт-танк был превращён в танк «Апокалипсис»). По сравнению с предыдущей серией, в игре улучшены графика и мультиплеер. В то время как первая игра в серии Red Alert логически связана с историей Command & Conquer: Tiberian Series (например, глава NOD Кейн в ней выступает советником Сталина), Red Alert 2 не содержит никаких ссылок на Тибериумный канон и более походит на собственно «холодную войну» между восточным и западным военно-политическими блоками, переросшую в Третью мировую.

Описание Command & Conquer: Red Alert 2 Yuri's Revenge:
Самое масштабное дополнение в истории Westwood. Помимо свежих миссий, многопользовательских карт, юнитов и музыкальных тем в нем есть одно по-настоящему серьезное нововведение - появилась третья сторона, за которую можно играть. Нашей целью на этот раз будет помешать предателю Юрию, бывшему советнику премьера Романова, обрести мировое господство. Мы снова увидим премьер-министра Романова, а также несколько ранее известных по Red Alert 2 локаций и персонажей, таких как генерал Карвиль, Президент Дуган и др.