Доблестная четверка пионеров в костяных бронежилетах продолжает исподтишка охранять общественный порядок в Нью-Йорке. Между тем, главный уголовный авторитет города по кличке Шреддер сбегает из-под стражи. Вместе со своей бандой "Черная нога" он начинает творить всяческие непотребства: топчет муравейники, поливает цветы в парке китайским супер-клеем, распевает гимн Советского Союза на японском языке и организует вторжение инопланетного мозга-желе, собирающегося красиво разбомбить человечество северным сиянием. Черепашкам и их боевой подруге Эйприл О’Нил вновь предстоит спасать всех людей доброй воли, заручившись неожиданной помощью фаната "Пятницы 13-е" - мстителя в хоккейной маске Кейси Джонса.